拼多多商家运费险的扣费方式是按照订单的实际运费金额和商家选择的保费费率来计算的。具体的扣费公式如下：
保费扣费金额 = 实际运费金额 * 保费费率
例如，如果订单的实际运费金额为20元，而商家选择的保费费率为0.5%，则保费扣费金额为20元 * 0.5% = 0.1元。
需要注意的是，拼多多商家运费险的扣费是以每个订单为单位进行计算的，而不是固定的一笔费用。具体的保费费率可以根据商家的选择和拼多多平台的政策而有所不同。
如果您有更详细的问题或需要了解具体的扣费标准，建议您咨询拼多多的客服团队或查阅拼多多平台的相关文档和政策。
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